شیخ‌الاسلامی با بازگشت به دانشگاه و تمرکز بر تدریس، ریاست پژوهشکده حمل‌ونقل که اخیرا از وزارت راه و شهرسازی به این دانشگاه پیوسته را به‌عهده خواهد گرفت و کنفرانس ملی زیرساخت‌های حمل‌ونقل را برگزار خواهد نمود.